Органи Комисије су Савет Комисије и Председник Комисије.
Савет Комисије чине Председник Комисије и четири члана.
Председник Комисије и чланови Савета бирају се из реда угледних стручњака из области економије и права са најмање десет година година релевантног радног искуства, који су остварили значајне и признате радове или праксу у релевантној области, нарочито у области заштите конкуренције и европског права и који уживају углед објективне и непристрасне личности.
Председника Комисије и чланове Савета Комисије бира и разрешава Народна скупштина на предлог надлежног одбора за послове трговине.
Председник Комисије и чланови Савета се бирају на мандат од пет година, са могућношћу поновног избора.