Organi Komisije su Savet Komisije i Predsednik Komisije.

Savet Komisije čine Predsednik Komisije i četiri člana.

Predsednik Komisije i članovi Saveta biraju se iz reda uglednih stručnjaka iz oblasti ekonomije i prava sa najmanje deset godina godina relevantnog radnog iskustva, koji su ostvarili značajne i priznate radove ili praksu u relevantnoj oblasti, naročito u oblasti zaštite konkurencije i evropskog prava i koji uživaju ugled objektivne i nepristrasne ličnosti.

Predsednika Komisije i članove Saveta Komisije bira i razrešava Narodna skupština na predlog nadležnog odbora za poslove trgovine.

Predsednik Komisije i članovi Saveta se biraju na mandat od pet godina, sa mogućnošću ponovnog izbora.